LabDAO está trazando el futuro de la IA de código abierto para el descubrimiento de fármacos

El proyecto Folding@home fue noticia durante la pandemia de COVID-19 por reunir la potencia informática no utilizada para explorar el espacio de búsqueda de plegamiento de proteínas para abordar el nuevo coronavirus. Al empoderar a los ciudadanos para que sean científicos por derecho propio, la iniciativa ejecutó simulaciones a gran escala de diferentes configuraciones moleculares de proteínas en una red distribuida de computadoras "inscritas" en todo el mundo.

Este paradigma descentralizado fue proclamado por unir a las personas en torno a un problema común y potencia de cómputo de fuentes múltiples de manera eficiente, pero ¿qué pasaría si la potencia de cómputo y la infraestructura de resolución de problemas se invirtieran? En otras palabras, ¿qué pasaría si las personas pudieran ejecutar sus propios proyectos aprovechando el poder informático acumulado? y las herramientas para la experimentación biológica para empezar?

LabDAO está haciendo realidad ese sueño con su plataforma PLEX. PLEX es una herramienta de línea de comandos de código abierto diseñada para hacer que no solo los recursos informáticos, sino también una variedad de herramientas de aprendizaje automático biológico (acuñado como el paquete "BioML" dentro de LabDAO) sean accesibles a través de una variedad de fondos. Ya sea que experimente con acoplamiento de moléculas pequeñas o simulaciones propias de plegamiento de proteínas, PLEX permite a los usuarios acceder a la biblioteca de herramientas de LabDAO, compartir resultados y visualizarlos en menos de cinco minutos.

Este conjunto de herramientas y su plataforma de habilitación de uso se exhibieron en la cumbre Blockchain Meets Biology de Zuzalu a principios de abril, donde Lily Hansen-Gillis, miembro del equipo central de LabDAO, demostró de principio a fin una simulación de la dinámica molecular interna de un proteína para encontrar su configuración más estable. Luego, como "no programadora" autoproclamada, guió a la audiencia a través de él de principio a fin, todo con una computadora, Wi-Fi, PLEX en la línea de comando y nada más.

En términos más generales, LabDAO es una plataforma descentralizada habilitada para web3 (parte del movimiento "DeSci" más grande) comprometida con la creación de un entorno más productivo para el descubrimiento de fármacos impulsado por código abierto. Al poner herramientas y recursos de vanguardia a disposición de un ecosistema más amplio, LabDAO tiene como objetivo crear el entorno adecuado para avances científicos transparentes y accesibles. Ya sea eliminando la necesidad de que los investigadores tengan su propio hardware o infraestructura informática o publicando los resultados de los experimentos en un libro mayor de blockchain de manera que sean tratables y reproducibles, la organización se compromete a hacer posible una mayor innovación a través de la colaboración, rompiendo las barreras causadas por la mala calidad. usabilidad y experiencia en nichos aislados.

Los esfuerzos de LabDAO para construir este mundo DeSci del futuro para hoy recibieron recientemente un impulso en forma de una ronda de financiación de $ 3.6 millones de varios otros DAO, Inflection.xyz, Balaji Srinivasan y otros. Esta afluencia de apoyo contribuirá a los esfuerzos continuos para desarrollar herramientas de software de código abierto y reforzar el ecosistema de investigación de LabDAO.

En cuanto a PLEX en sí, los próximos pasos inmediatos en el horizonte incluyen probar la plataforma en diferentes colaboraciones científicas, contener varias herramientas y acumular el hardware necesario para fomentar la red BioML.

En cuanto al largo plazo, tal vez el próximo fármaco que salve vidas durante el próximo gran brote de enfermedades infecciosas se diseñará con el poder de PLEX, un paso adelante descentralizado a la vez. A medida que el ecosistema continúa creciendo, solo el tiempo lo dirá.

¡Gracias a Aishani Aatresh para investigaciones e informes adicionales sobre este artículo. Soy el fundador de SynBioBeta, y algunas de las empresas sobre las que escribo son patrocinadores de la Conferencia SynBioBeta. Para más contenido, puedes suscribirte a mi boletín semanal.